肠套叠通常不能自愈，需及时就医治疗。极少数早期病例可能出现自发复位，但这种情况不可依赖，盲目等待可能延误病情导致肠坏死等严重并发症。
1、婴幼儿原发性肠套叠
婴幼儿肠套叠多由肠道蠕动紊乱引发，套叠部位无法自行回纳。患儿会出现阵发性哭闹、呕吐及果酱样血便，若不及时通过空气灌肠或手术复位，可能因肠管缺血坏死而危及生命。临床数据显示，超过90%的病例需医疗干预。
2、继发性肠套叠
年长儿童或成人发生的肠套叠多继发于肠道息肉、肿瘤等器质性疾病。这类病例的套叠肠段被病变组织固定，无法自行解除，必须通过手术切除病灶才能根治，同时需针对原发疾病进行治疗。
3、早期极少数自愈情况
偶有家长发现患儿短暂腹痛后症状自行缓解，可能是套叠肠管暂时松解，但多数会在数小时内复发。文献报道显示，真正自发复位的概率不足5%，且无法通过观察判断是否完全复位，仍需影像学检查确认。
肠套叠属于急腹症范畴，发病后24小时内为黄金救治期。家长发现孩子出现腹痛、呕吐、腹部包块等症状时，应立即前往医院小儿外科就诊，通过超声检查明确诊断。延误治疗可能导致肠穿孔、腹膜炎等严重并发症，甚至危及生命，切勿抱有侥幸心理等待自愈。