灌肠过程中是否会出现疼痛因人而异。一般情况下，规范操作下灌肠可能仅有轻微不适感，但若操作不当或存在特殊情况，可能出现疼痛。
灌肠的疼痛感受与操作手法密切相关。医护人员通常会将导管润滑后轻柔插入肛门，此时多数人仅会感受到肛门胀满或便意。若导管插入时角度偏移或动作较急，可能刺激肛管黏膜引发短暂刺痛。对于存在痔疮、肛裂等肛肠疾病的患者，导管摩擦病灶部位可能加重疼痛感，此时需提前告知操作人员调整手法。
灌肠液的温度与流速也会影响舒适度。温度过低的液体可能引起肠道痉挛性收缩，建议将灌肠液加温至37℃左右。使用高压快速灌入液体可能使肠壁过度扩张，宜采用重力滴注法控制流速。在灌肠过程中若出现剧烈腹痛、肛门撕裂样疼痛等异常情况，应立即停止操作并及时告知医护人员。建议在进行灌肠前排空膀胱，采取左侧卧位配合膝胸姿势，有助于导管顺利插入。