新鲜香菇和干香菇各有优势，具体选择需根据营养需求、烹饪方式和个人喜好决定，通常不存在绝对更好的说法。新鲜香菇水分充足、口感嫩滑，适合快炒或凉拌；干香菇因干燥工艺风味更浓郁，适合炖煮提鲜。
新鲜香菇含有较多水分及维生素B族、维生素C等水溶性营养成分，烹饪时能保留食材的鲜嫩口感。其膳食纤维和蛋白质含量适中，适合需要控制热量或追求清淡饮食的人群。干香菇在脱水过程中，部分水溶性维生素会流失，但脂溶性维生素D及矿物质如钾、磷等成分会浓缩，尤其是经日光晒干的香菇会生成更多维生素D，有助于钙质吸收。
从风味角度分析，干香菇在干燥过程中会形成大量鸟苷酸盐等鲜味物质，尤其适合煲汤或红烧时作为天然调味料使用，能显著提升菜肴的鲜香程度。新鲜香菇因细胞壁完整，在高温快炒时能保持爽脆质地，常用于清炒时蔬或制作馅料。
建议根据烹饪需求灵活选择，日常饮食中可将两种形态的香菇搭配食用。需注意干香菇泡发时间不宜超过4小时，避免营养流失或滋生细菌。特殊人群如痛风患者需控制香菇摄入总量，因其含有中等量嘌呤。
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