木杜仲和藤杜仲的功效并不完全相同，两者在来源和临床应用上存在差异。木杜仲一般具有补肝肾、强筋骨、安胎等功效；藤杜仲通常具有祛风湿、强筋骨、活血等作用。
1、补肝肾
木杜仲作为杜仲的正品来源，在中医理论中主要归肝、肾经，可通过补益肝肾改善腰膝酸软、头晕耳鸣等症状，常配伍熟地黄、山茱萸等药材。
2、强筋骨
木杜仲含有杜仲胶、绿原酸等成分，能促进骨骼细胞代谢，临床上多用于治疗骨质疏松、腰肌劳损等病症，常与牛膝、桑寄生同用。
3、安胎
木杜仲具有调节冲任二脉的作用，对妊娠期肾虚引起的胎动不安有固摄效果，多与续断、菟丝子等配伍使用。
4、祛风湿
藤杜仲来源于夹竹桃科或卫矛科植物，其祛风除湿作用较明显，适用于风湿痹痛、关节不利等病症，常与威灵仙、秦艽等药材同用。
5、活血
藤杜仲含有黄酮类物质，可改善局部血液循环，对于跌打损伤引起的淤血肿痛有一定缓解作用，多配伍红花、桃仁等活血药材。
由于两者基源不同，建议在临床应用时根据具体病症辨证选用。木杜仲更侧重补益作用，而藤杜仲偏于祛邪通络，使用前建议咨询中医师进行药材鉴别和配伍指导。