睑板腺囊肿能否自愈需根据囊肿大小、是否存在感染等因素综合判断，不可一概而论。部分患者通过护理可能自行消退，而体积较大或继发感染时则需医疗干预。
1、较小囊肿可能自愈
直径小于3毫米的睑板腺囊肿，早期腺体阻塞可能自行解除，潴留的分泌物逐渐被吸收。每日3-4次热敷可促进局部血液循环，加速囊肿消退，热敷温度建议控制在40-45℃，每次持续10-15分钟。此阶段需注意观察囊肿变化，避免挤压刺激。
2、较大或感染囊肿需治疗
囊肿持续超过2周未消退或直径超过5毫米时，自行吸收概率显著降低。继发细菌感染时可能出现红肿热痛等麦粒肿样改变，需使用左氧氟沙星滴眼液、夫西地酸眼膏等抗生素控制感染。对于顽固性囊肿，眼科医生可能采用曲安奈德囊肿内注射或手术刮除，术后复发率低于5%。
日常应保持睑缘清洁，使用无刺激婴儿洗发水清洁睫毛根部。反复发作患者建议进行睑板腺按摩，每周2-3次以维持腺体通畅。若囊肿影响视力、导致眼睑变形或三个月未消退，应及时到眼科进行裂隙灯检查，必要时行病理活检排除肿瘤可能。