EV病毒感染通常不会长期存在于体内，多数情况下可被人体免疫系统清除。但免疫功能低下者可能出现病毒持续存在或反复激活的情况，需结合具体病情分析。
EV病毒属于小RNA病毒科肠道病毒属，在免疫功能正常的人群中，病毒通常在感染后2-3周内被完全清除。急性感染期过后，人体会产生特异性抗体，这些中和抗体能有效防止病毒再次入侵。临床常见的EV71、柯萨奇病毒等血清型引发的疾病多为自限性过程，90%以上的患者可在7-10天康复。
对于器官移植受者、艾滋病患者等免疫功能严重受损人群，病毒清除能力会显著下降。研究显示这类患者体内病毒载量可能持续超过3个月，个别病例甚至出现病毒在神经组织中的长期潜伏。长期携带者可能出现反复发热、慢性心肌炎等并发症，需要定期进行病毒核酸检测监测。
若确诊EV病毒感染后出现持续乏力、反复发热或脏器功能异常，建议及时到感染科就诊。通过淋巴细胞亚群检测、病毒载量定量等检查，医生可准确评估机体免疫状态和病毒清除情况，必要时给予免疫调节治疗。绝大多数患者在规范治疗下都能获得良好预后，不必过度焦虑。