长期适量食用南瓜子仁通常对健康有益，但过量摄入可能带来负面影响。其健康价值主要与营养成分相关，但也需注意个体差异。
南瓜子仁富含蛋白质、不饱和脂肪酸及锌、镁等矿物质。适量摄入可为人体提供必需氨基酸，有助于维持细胞修复和免疫功能。其含有的亚油酸和油酸能辅助调节血脂水平，临床研究表明每日摄入20-30克对心血管健康有益。膳食纤维含量达每百克4.3克，能促进肠道蠕动，改善消化功能。
需注意其热量密度较高，每100克含574大卡热量，过量食用易导致热量超标。部分人群可能出现腹胀等胃肠不适反应，建议单日摄入量不超过50克。南瓜子仁中的植酸可能影响铁、钙等矿物质的吸收，建议避免与补剂同食。
建议将南瓜子仁作为均衡膳食的组成部分，搭配坚果类交替食用效果更佳。存在代谢性疾病或消化系统疾病者，应在营养师指导下调整摄入量。储存时需注意防潮防氧化，避免营养成分流失。
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