耶氏肺孢子菌肺炎的首选药物为复方磺胺甲噁唑，其他治疗方式还包括替代药物治疗、辅助治疗、支持性治疗以及预防措施。具体治疗方案需由医生根据患者病情制定，不可自行用药。
1、复方磺胺甲噁唑
该药物是治疗耶氏肺孢子菌肺炎的一线选择，通过抑制病原体的叶酸代谢发挥抗菌作用。对于中重度感染患者，通常需静脉给药，病情稳定后可改为口服。用药期间需监测肝肾功能及血常规，部分患者可能出现皮疹或胃肠道反应。
2、替代药物治疗
对磺胺类药物过敏或耐药者，可选择克林霉素联合伯氨喹方案。喷他脒静脉注射适用于重症患者，但可能引起低血糖或肾功能损害。阿托伐醌口服混悬液多用于轻症病例，需注意胃肠道耐受性。
3、辅助治疗
中重度患者需联合糖皮质激素治疗，通常在抗感染治疗前或同时使用，可降低炎症反应导致的呼吸衰竭风险。用药期间需密切监测血糖和电解质水平，逐渐减量避免反跳现象。
4、支持性治疗
氧疗是呼吸支持的基础措施，根据血氧饱和度调整给氧浓度。呼吸衰竭患者可能需要机械通气支持。营养支持应保证每日热量摄入，纠正电解质紊乱，必要时进行静脉营养补充。
5、预防措施
HIV感染者CD4细胞计数低于200/μL时需药物预防，可选复方磺胺甲噁唑或氨苯砜。器官移植受者需根据免疫抑制强度评估预防指征。所有高危人群应定期进行影像学和实验室监测。
该病属于机会性感染，免疫缺陷患者出现不明原因发热、干咳和活动后气促时应尽早就医。治疗期间需严格遵循医嘱完成疗程，不可擅自停药。对磺胺过敏者就诊时应主动告知过敏史，以便调整治疗方案。出院后应定期复查胸部CT和肺功能，监测疾病转归情况。