胃蛋白酶在正常情况下一般不会直接损伤健康的胃黏膜。胃黏膜本身具有多层保护机制，能够有效抵御胃酸和消化酶的侵蚀。
胃黏膜表面覆盖有黏液-碳酸氢盐屏障，这层屏障能中和胃酸并阻隔胃蛋白酶与黏膜直接接触。同时胃黏膜细胞具有快速更新能力，受损时可及时修复。健康状态下，胃蛋白酶主要作用于食物中的蛋白质分解，不会对自身组织造成破坏。但在胃黏膜防御机制受损的情况下，如长期使用非甾体抗炎药、幽门螺杆菌感染或应激状态时，胃蛋白酶可能参与黏膜损伤过程。此时过量的胃酸分泌会降低黏液层保护作用，使胃蛋白酶接触并分解黏膜表层蛋白质。
若出现反复上腹痛、反酸烧心等症状，建议及时进行胃镜检查。日常应避免过量饮酒、辛辣饮食，规律进餐有助于维持胃黏膜屏障功能。使用任何胃部药物前应咨询专业医师，根据具体病因进行针对性治疗。