肺部隐球菌感染能否治好需根据患者免疫状态及病情程度综合判断。多数免疫状态正常的患者通过规范抗真菌治疗可实现治愈，而免疫抑制人群存在复发风险，需长期随访管理。
肺部隐球菌感染的治疗效果与患者免疫功能密切相关。免疫状态正常者感染多局限于肺部，规范使用氟康唑、伊曲康唑等抗真菌药物6-12个月后，病灶可逐渐吸收，病原体转阴率可达80%以上。此类患者完成全程治疗后复发率通常低于5%。但对于存在HIV感染、器官移植术后等免疫抑制状态的患者，隐球菌易扩散至中枢神经系统形成脑膜炎，即使经过两性霉素B联合氟胞嘧啶的强化治疗，仍需终身维持抗真菌治疗，且存在30%-40%的复发风险。
治疗期间需定期监测肝肾功能、胸部CT及隐球菌抗原滴度。建议所有患者在感染科医生指导下制定个体化方案，完成治疗后仍需保持至少1年的医学观察。早期规范治疗可显著改善预后，延误诊治可能导致感染播散危及生命。