耶氏肺孢子菌肺炎的首选药物为复方磺胺甲噁唑，其他替代药物包括克林霉素联合伯氨喹、喷他脒以及阿托伐醌等。具体用药方案需根据患者病情及药物耐受性进行调整。
1、复方磺胺甲噁唑
该药物通过抑制病原体的叶酸合成途径发挥抗菌作用，是治疗耶氏肺孢子菌肺炎的一线选择。对于多数免疫抑制患者，如HIV感染者，早期规范使用可有效控制感染。若患者出现轻度过敏反应，可尝试脱敏治疗继续用药。
2、克林霉素联合伯氨喹
当患者对磺胺类药物过敏或存在禁忌证时，此联合方案可作为替代治疗。克林霉素通过抑制蛋白质合成发挥作用，伯氨喹则干扰病原体的线粒体功能，两者协同可增强抗菌效果。治疗期间需密切监测溶血反应。
3、喷他脒
对于中重度感染患者，雾化吸入喷他脒可直接作用于肺部病灶，全身吸收较少从而降低不良反应风险。该方式适用于不能耐受全身用药或合并肾功能不全的患者，但可能引发支气管痉挛等局部刺激症状。
患者确诊后应尽早在呼吸科或感染科医生指导下规范治疗，治疗周期通常为3周。用药期间需定期评估肝肾功能、血常规及电解质水平，出现皮疹、发热等不良反应应及时就诊调整方案。重症患者可能需要联合糖皮质激素治疗以减轻炎症反应。