先天性肛门闭锁手术后多数患儿可以逐渐恢复排便功能，但具体恢复情况需结合手术效果及术后康复管理。部分患儿可能因并发症或肛门功能异常出现排便困难。
1、手术成功且恢复良好
若患儿在出生后及时接受肛门成形术，且术后未出现严重并发症如肛门狭窄、直肠回缩等，通常可通过逐步扩肛训练促进肛门括约肌功能恢复。随着生长发育，大部分患儿能建立规律的排便反射，接近正常排便状态。
2、术后排便功能异常
约20%-30%的患儿可能出现肛门失禁、便秘或污粪等情况，常见于高位闭锁或合并骶骨畸形的病例。这类患儿因肛门括约肌发育不全或神经支配异常，可能需长期进行生物反馈训练、饮食调整，必要时需二次手术改善排便控制能力。
3、远期生活质量
通过规范的术后扩肛、排便训练及高纤维饮食管理，约75%的患儿在学龄期能达到社会可接受的排便控制水平。但仍有部分患儿需使用缓泻剂或进行肠道清洁护理，极少数合并脊柱畸形的患儿可能终身存在排便障碍。
建议术后定期进行肛门指检和排便功能评估，坚持每日扩肛6个月至1年。添加辅食后需逐步增加膳食纤维摄入量，训练定时排便习惯。若出现持续便秘、腹泻或污粪，应及时复查肛门直肠测压和MRI，由小儿外科医生制定个体化康复方案。