经皮肾镜手术通常存在出血、感染、周围器官损伤、尿液外渗以及结石残留等风险，具体发生概率与患者个体情况有关。该手术属于微创操作，但依然存在一定并发症的可能性。
1、出血
手术中穿刺针或扩张器可能损伤肾脏血管，导致术中或术后出血。轻微出血可通过止血药物或压迫处理，严重时可能需要输血或介入栓塞治疗。术后尿液颜色变红通常是暂时性现象。
2、感染
穿刺通道可能将细菌带入泌尿系统，引发肾盂肾炎或败血症。患者可能出现发热、寒战等症状，需及时进行尿培养并根据结果使用敏感抗生素治疗，严重感染可能危及生命。
3、周围器官损伤
穿刺路径可能误伤结肠、肝脏、脾脏或胸膜等邻近器官。结肠损伤可能导致粪尿或腹膜刺激征，胸膜损伤可能引发气胸，这种情况需要立即进行外科修补处理。
4、尿液外渗
术后肾盂壁完整性受损可能导致尿液渗入肾周间隙，多数可自行吸收。若形成尿性囊肿或继发感染，需在超声引导下进行穿刺引流，必要时留置双J管促进愈合。
5、结石残留
复杂结石可能出现碎石不完全的情况，残留结石可能成为感染源或引发肾绞痛。术后需通过CT复查评估，较小残石可通过体外冲击波碎石辅助排出，较大残石可能需要二次手术。
进行经皮肾镜手术应选择具有丰富经验的泌尿外科医师操作，术前需完善凝血功能、泌尿系CT等检查评估手术风险。术后出现持续高热、剧烈腰痛或尿量明显减少等情况时，应及时返院复查处理。