肛瘘手术后存在一定的复发可能，但复发率通常与手术方式、瘘管复杂程度及术后护理等因素有关。多数患者经过规范治疗和正确护理可有效降低复发风险。
肛瘘手术后的复发与手术清除感染源的彻底性密切相关。如果术中对内口或瘘管的处理不彻底，残留的感染组织可能导致病情反复。复杂型肛瘘如高位瘘、多分支瘘因解剖结构复杂，手术难度较大，复发风险相对较高。术后创面感染、过早愈合形成假性闭合或日常护理不当如排便刺激、清洁不足等，也可能诱发炎症再次形成瘘管。
为减少复发，建议选择正规医疗机构和经验丰富的医生进行手术。术后需保持肛周清洁干燥，遵循医嘱进行坐浴和换药。饮食上避免辛辣刺激，保持大便通畅。定期复查有助于早期发现异常，若出现红肿、渗液等情况应及时就医处理。多数患者通过规范治疗和科学护理可获得良好预后。