黄连和黄柏可通过科属来源、药材性状、性味归经以及功效作用等方面进行区分。具体可从以下三方面辨别：
1、科属及药用部位不同
黄连是毛茛科植物黄连、三角叶黄连或云连的干燥根茎，药材取自根茎部位。黄柏为芸香科植物黄皮树或黄檗的干燥树皮，药用部位为树皮。
2、性状特征差异
黄连根茎多弯曲，表面灰黄色，断面鲜黄色，质地坚硬。黄柏树皮呈板片状，外表面黄褐色，内表面暗黄色，断面纤维性，有粘性，嚼之可使唾液染成黄色。
3、功效侧重不同
两者虽均能清热燥湿，但黄连长于清心胃之火，主治湿热痞满、高热神昏及痈肿疔疮。黄柏擅清下焦湿热，常用于骨蒸劳热、盗汗遗精及足膝肿痛，兼有滋阴降火之效。
两者均属苦寒之品，易伤脾胃，建议在中医师指导下辨证使用。若需同时配伍应用，应注意剂量配比，避免过量导致不良反应。