亚急性甲状腺炎通常可以自愈，但具体恢复时间因人而异。该疾病属于自限性疾病，多数患者症状可在数周至数月内自行缓解，部分患者可能需要药物辅助控制症状。若出现并发症或症状较重时，需及时就医治疗。
亚急性甲状腺炎的自愈过程可分为三个阶段。初期甲状腺滤泡破坏阶段，患者会出现甲状腺疼痛、发热等症状，此阶段通常持续2-4周。随着炎症逐渐消退进入中期，甲状腺功能可能暂时性亢进，出现心悸、手抖等表现，持续约1-3周。最终进入恢复期，甲状腺功能恢复正常，整个过程约持续3-6个月。部分体质较好、病变范围较小的患者可能在2-3个月内完全康复。
少数患者可能出现持续性疼痛或反复发作，此时需考虑合并其他甲状腺疾病的可能性。若出现高热不退、甲状腺显著肿大压迫气管或甲状腺功能持续异常等情况，可能需要使用布洛芬、泼尼松等药物控制炎症反应。个别病例可能遗留永久性甲状腺功能减退，需长期监测甲状腺激素水平。
日常生活中建议患者保持规律作息，避免过度劳累。急性期可采用冷敷缓解颈部疼痛，选择高热量、易消化食物补充能量。若症状持续超过3个月未改善，或出现声音嘶哑、吞咽困难等异常表现，应及时至内分泌科就诊，通过血沉、甲状腺超声等检查评估病情进展。