碘伏具有一定的抗真菌作用，但杀灭真菌的效果通常因真菌种类和感染程度而异，不能一概而论。对于皮肤表面的浅表真菌感染，碘伏可能有一定辅助治疗效果，但严重或深部真菌感染需配合其他抗真菌药物。
碘伏是碘与表面活性剂结合形成的广谱消毒剂，能够破坏微生物的细胞膜和蛋白质结构。研究显示，碘伏对白假丝酵母菌、毛癣菌等部分真菌具有抑制作用，尤其对皮肤表面的真菌感染（如足癣初期）可能有效。但碘伏渗透性有限，难以杀灭甲板深层或皮下组织的真菌，例如甲癣（灰指甲）或深部念珠菌感染通常需要口服抗真菌药物。
若皮肤出现脱屑、瘙痒等真菌感染症状，可遵医嘱使用联苯苄唑乳膏、硝酸咪康唑软膏、特比萘芬喷雾等药物。日常需保持患处清洁干燥，避免与他人共用毛巾等物品。若使用碘伏后症状未缓解或加重，应及时到皮肤科进行真菌镜检，明确感染类型后针对性治疗。