长期饮用未经处理的井水可能存在微生物污染、重金属超标以及矿物质过量等健康隐患。井水的水质容易受周边环境因素影响，建议定期检测以确保安全。
井水在自然渗透过程中可能携带土壤或环境中的有害微生物，如大肠杆菌、沙门氏菌等，饮用后可能引发腹痛、腹泻等消化道症状。若周边存在工业污染或农药残留，井水中的铅、砷、汞等重金属含量可能超标，长期摄入会增加肝肾损伤及癌症风险。部分地区的井水天然矿物质含量过高，例如氟化物超标可能导致氟斑牙或骨骼病变，钙镁离子过多可能诱发泌尿系结石。
为减少健康风险，建议每年对井水进行至少一次微生物及重金属指标检测。日常饮用前应充分煮沸以杀灭病原体，必要时安装反渗透或活性炭滤水装置。若出现不明原因的身体不适，应及时就医并告知医生长期饮用井水的情况。