花椒籽作为中药材，一般具有散寒止痛、温中止泻、杀虫止痒、行气活血以及促进消化等药用作用。其应用需在中医师指导下进行，不可盲目自行使用。
1、散寒止痛
花椒籽性温味辛，归脾、胃经，能驱散体内寒邪。对于寒邪侵袭引起的脘腹冷痛、关节疼痛等症状，可通过温通经络缓解不适感。
2、温中止泻
其辛温特性有助于温暖中焦脾胃，改善脾胃虚寒导致的腹泻、腹部冷痛。常与健脾药物配伍使用，增强止泻效果。
3、杀虫止痒
现代研究显示花椒籽所含挥发油成分对寄生虫有抑制作用，外用时可通过抑制微生物生长缓解皮肤瘙痒等问题。
4、行气活血
辛散特性可促进气血运行，对气滞血瘀引起的经闭腹痛、跌打损伤等症状，能通过改善局部血液循环发挥作用。
5、促进消化
花椒籽能刺激消化液分泌，增强胃肠蠕动，对食积腹胀、食欲不振等消化功能减弱症状有辅助改善作用。
使用花椒籽时需注意辨证施治，阴虚火旺者慎用。外用时避免接触黏膜部位，内服应严格控制剂量。若需长期或大量使用，建议定期进行中医体质辨识，孕妇及特殊人群用药前应咨询专业医师。