甲状腺疾病的就诊科室通常包括内分泌科、普外科或头颈外科以及甲状腺专科，具体需根据症状选择。
1、内分泌科
甲状腺功能异常如甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、桥本甲状腺炎等疾病属于内分泌代谢问题，需在内分泌科进行激素水平检测和药物治疗。例如甲亢患者需调整抗甲状腺药物剂量，甲减患者需补充甲状腺素。
2、普外科或头颈外科
甲状腺结节、囊肿、肿瘤等占位性病变或需手术干预的情况应就诊于外科。若超声检查提示结节形态不规则、血流丰富或伴有钙化等恶性征象时，外科医生会评估是否需要穿刺活检或切除治疗。
3、甲状腺专科
部分综合性医院设有甲状腺疾病专病门诊，可提供多学科联合诊疗服务。这类专科适合病情复杂、涉及手术与药物综合治疗的患者，例如甲状腺癌术后需同时进行内分泌治疗和碘131治疗的情况。
若出现颈部肿块、心慌手抖、体重异常变化等症状，建议先至内分泌科初诊，医生会根据触诊、超声和血液检查结果推荐后续诊疗方案。就诊时需携带既往检查报告，以便医生全面评估病情。