输尿管软镜碎石术的副作用主要包括血尿、感染、输尿管损伤、残留结石以及术后疼痛等，具体情况因人而异。手术属于微创操作，但任何侵入性治疗均存在一定风险，需严格遵循医生指导。
1、血尿
由于输尿管软镜在操作过程中可能对黏膜造成轻微损伤，术后1-3天内可能出现淡红色血尿。这种情况通常无需特殊处理，适当增加饮水量后多可自行缓解。若血尿持续加重或伴有血块，需及时复诊。
2、感染
手术可能将外界细菌带入尿路系统，或导致结石碎片残留引发感染。患者可能出现发热、尿频尿急等症状。一般需遵医嘱使用头孢克肟片、左氧氟沙星胶囊等抗生素，同时通过尿培养结果调整药物。
3、输尿管损伤
术中导丝或激光碎石可能造成输尿管黏膜撕裂、穿孔，发生率为1%-5%。轻微损伤可通过留置双J管4-6周促进修复，严重损伤可能需要二次手术修补。术后出现持续腰痛或腹部肿胀时应警惕。
4、残留结石
对于较大（大于2cm）或质地坚硬的结石，可能存在碎石不完全的情况，残留结石可能下降至肾脏或停留在输尿管。通常建议术后1个月复查CT，必要时结合体外冲击波碎石或药物排石治疗。
5、术后疼痛
约30%患者会出现腰部胀痛或排尿刺痛，可能与双J管刺激、结石排出过程有关。轻度疼痛可使用双氯芬酸钠栓剂缓解，剧烈疼痛需排除输尿管痉挛或梗阻可能。
该手术总体安全性较高，建议选择具备资质的医疗机构进行操作。术后应保持每日饮水2000ml以上，观察排尿情况，按医嘱定期拔除双J管。若出现持续高热、肉眼血尿或尿量骤减，需立即就医处理。