通常需根据具体类型而定。多数情况下，其副作用在及时干预后可逆，但部分长期或严重的副作用可能造成不可逆损伤。
1、可逆性副作用
常见的恶心、呕吐、口腔溃疡等胃肠道反应，以及脱发、皮疹等皮肤反应，通常在停药或调整剂量后逐渐消失。轻度肝功能异常如转氨酶升高，多数通过保肝治疗可恢复正常。这些症状与药物对代谢活跃细胞的暂时性抑制有关，及时处理一般不会遗留长期损害。
2、骨髓抑制相关副作用
该药物可能引发白细胞、血小板减少等骨髓抑制表现，但通过停药、使用亚叶酸钙解救及升细胞治疗，多数患者血象可在1-2周内恢复。需注意严重骨髓抑制可能继发感染或出血，需积极对症支持治疗。
3、潜在不可逆副作用
长期大剂量使用可能诱发肝纤维化或肺间质纤维化，这类器质性改变通常难以完全逆转。临床数据显示，约3%-5%长期用药患者可能出现肝损伤，其中部分进展为不可逆病变。建议用药期间每3-6个月监测肝功能和肺部CT。
使用甲氨蝶呤需严格遵医嘱，定期复查血常规检查、肝肾功能等指标。若出现持续发热、气促、黄疸等症状应立即就诊。治疗期间补充叶酸可降低部分副作用发生率，但不可自行调整用药方案。