通常需视具体情况而定。多数情况下，轻微副作用在停药后可逐渐消退，但部分严重副作用可能需要针对性处理。
甲氨蝶呤引起的恶心、食欲下降等消化道反应，通常在停药后1-2周会自行缓解。乏力、口腔黏膜炎等症状随着药物代谢完成也会逐渐消失。但对于药物导致的肝肾功能异常，若检查指标已明显升高，即便停药也可能需要保肝、护肾等治疗措施。骨髓抑制引起的白细胞减少或血小板降低，可能需要升白药物或成分输血等医疗干预。
使用甲氨蝶呤期间出现任何不适都应及时与主治医生沟通，不可自行决定停药或更改剂量。治疗期间需定期监测血常规检查和肝肾功能，必要时可通过调整给药方案降低副作用风险。对于长期用药患者，医生可能配合亚叶酸钙等解救剂减轻不良反应。