性行为后第二天能否进行性病检查需根据具体情况判断。多数性病在感染后需一定时间才能被检测到，因此过早检测可能出现假阴性结果。
1、检测时间不足
大多数性病存在窗口期，即感染后到检测结果呈阳性的间隔时间。例如，HIV抗体检测的窗口期通常为3-6周，梅毒螺旋体检测需2-4周，淋病或衣原体感染也需要3-5天才能通过核酸检测检出。若在感染后第二天检测，病原体可能尚未达到可检测水平，容易出现漏诊。
2、存在高危行为或症状
若发生无保护性行为或有明确高危接触史，即使检测结果为阴性，也建议在窗口期结束后复查。若已出现尿道分泌物、生殖器溃疡、皮疹等典型症状，无论何时均应及时就医。医生可能通过分泌物涂片、病毒载量检测或抗原检测等更敏感的方法辅助诊断。
日常需注意性行为后保持局部清洁，但避免过度冲洗破坏黏膜屏障。建议发生高危行为后3-6周进行全面的性病筛查，期间避免再次发生无保护性接触。所有检测应在正规医疗机构进行，并根据医生建议进行复查和随访。