灌肠通常采取左侧卧位、膝胸卧位或仰卧位，具体需根据操作目的和患者情况选择。临床中不同体位的选择可帮助药液顺利进入肠道，并提高治疗效果。
左侧卧位是灌肠最常用的体位，患者双腿屈曲，臀部靠近床沿，身体自然放松。这种姿势有助于利用重力作用使灌肠液沿直肠进入降结肠，适用于常规清洁灌肠或保留灌肠。膝胸卧位适用于需要更深部肠道灌注的情况，如乙状结肠镜检查前的肠道准备，此时患者跪伏于床面，胸部贴近膝盖，臀部抬高，能使肠道弯曲度减小。仰卧位则适合行动不便的老年人或术后患者，需在臀部下垫软枕抬高骨盆，此体位对肛门括约肌的刺激较小。
灌肠操作需由医护人员根据患者病情、耐受度及治疗目标综合判断。若在居家护理中进行，应提前接受专业指导，避免因体位不当导致药液外漏、肠道黏膜损伤等问题。操作过程中如出现腹痛、出血等异常情况，需立即停止并及时就医。