射干作为一味中药材，使用不当可能引发一定的毒副作用。其副作用主要包括胃肠道刺激、过敏反应以及肝肾负担增加等，具体使用需严格遵循医嘱。
射干中的部分成分可能对消化道黏膜产生刺激作用，部分敏感人群服用后可能出现腹部隐痛、恶心或腹泻等症状。对于本身存在胃炎、肠易激综合征等消化系统疾病的患者，这种刺激效应可能更为明显。该药材含有的鸢尾苷等化合物可能引发过敏反应，临床报道中曾出现皮肤潮红、粟粒样皮疹伴瘙痒的病例，严重时可能诱发呼吸困难等全身性过敏症状。长期超量使用射干可能增加肝肾代谢负担，动物实验显示大剂量给药会影响肝酶活性，但相关人体数据尚不充分。
使用射干时应特别注意体质差异，过敏体质者需提前进行药物敏感测试。建议单次使用剂量控制在3-9克范围内，连续用药不宜超过两周。用药期间若出现异常皮疹、持续性腹痛或尿量改变等情况，应立即停药并就诊。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女应避免使用，儿童用药需在中医师指导下进行。