莫西沙星常见的副作用包括胃肠道不适、神经系统症状、过敏反应、肝肾功能异常以及其他不良反应。该药物需在医生指导下使用，若出现严重不适需及时就医处理。
莫西沙星属于喹诺酮类抗生素，可能引起多种不良反应。部分患者用药后会出现恶心、腹痛或腹泻等胃肠道症状，主要与药物刺激消化道黏膜有关。少数人可能出现头晕、头痛或失眠等神经系统反应，可能与药物透过血脑屏障影响神经递质有关。个别患者可能发生皮疹、瘙痒等过敏反应，严重时可能引发过敏性休克，需立即停药处理。
长期或大剂量使用该药物时，需警惕肝功能异常，如转氨酶升高，或肾功能受损如肌酐水平波动。此外，偶见肌腱炎、肌肉疼痛等运动系统症状，以及心悸、心律不齐等心血管异常。老年患者使用期间更易出现QT间期延长，存在诱发心律失常的风险。
使用莫西沙星期间应避免阳光直射，注意观察是否出现异常症状。若发生严重腹泻、呼吸困难或意识改变等情况，应立即停药并联系医生。用药期间需定期监测肝肾功能，避免与含铝、镁的抗酸剂同服。孕妇、哺乳期妇女及18岁以下青少年通常不建议使用该药物。