灌肠操作是否会引起疼痛因人而异，通常与操作方式、个人耐受度等因素有关。在规范操作的前提下，多数人仅会感受到轻微不适或便意，但部分敏感人群可能出现疼痛感。
灌肠的疼痛感受主要与操作手法是否轻柔、液体流速是否适宜有关。若导管插入时角度不当或润滑不足，可能刺激直肠黏膜引发疼痛。对于存在痔疮、肛裂等肛周病变的患者，液体注入时的压力可能加重原有病灶的疼痛症状。此外，低温灌肠液（低于体温）可能引发肠道痉挛性疼痛，建议将液体温度维持在37℃左右。心理紧张导致的肛门括约肌收缩也会增加操作难度和不适感。
进行灌肠前建议排空膀胱，采取左侧卧位放松臀部肌肉。操作时应配合深呼吸缓解紧张情绪，若出现持续剧烈疼痛需立即停止操作并告知医护人员。对于居家灌肠人群，建议在专业人员指导下掌握正确的灌肠器使用方法和液体灌注速度，避免自行调整灌肠液成分浓度。