肛瘘属于肛肠科或普通外科，部分医院可能分科更详细，可到结直肠外科就诊。具体就诊科室需根据医院的分科情况而定，建议提前咨询医院导诊台。
1、肛肠科
肛肠科是专门处理肛门、直肠疾病的科室，肛瘘作为常见的肛周感染性疾病，通常由肛周脓肿发展而来，属于肛肠科的主要诊疗范围。医生会根据肛瘘的位置、复杂程度进行指诊、肛门镜等检查，并制定手术方案如瘘管切开术、挂线疗法等。
2、普通外科
在未单独设立肛肠科的医院，肛瘘患者可到普通外科就诊。普通外科医生可通过触诊判断瘘管走向，结合MRI或超声检查明确诊断，开展肛瘘切除术、推移皮瓣手术等治疗。术后需定期换药预防感染。
3、结直肠外科
部分医院设有结直肠外科，可处理复杂性肛瘘或复发性肛瘘。此类科室擅长采用激光消融、生物补片等先进技术，对贯穿肛门括约肌的高位肛瘘具有更精准的治疗手段，能降低术后肛门失禁风险。
患者出现肛周肿痛、流脓等症状时，应尽早就医明确诊断。治疗期间需保持肛门清洁，避免久坐久站，饮食上减少辛辣刺激食物摄入。术后遵循医嘱进行坐浴和伤口护理，定期复查直至瘘管完全愈合。