支原体感染通常可以根治，但具体治疗效果与感染的部位、是否及时治疗以及是否产生耐药性等因素有关。及时规范的治疗可以有效清除病原体，避免病情迁延或复发。
支原体感染后及时使用敏感抗生素是根治的关键。例如大环内酯类药物如阿奇霉素、罗红霉素等，以及四环素类如多西环素，常作为一线治疗方案。若出现耐药性，可改用喹诺酮类药物如左氧氟沙星。早期治疗可阻止病原体扩散至下呼吸道或泌尿系统，降低并发症风险。治疗期间需严格遵医嘱完成疗程，避免自行停药导致病原体未被完全杀灭。
部分患者可能因耐药性导致治疗效果不佳。支原体对大环内酯类药物的耐药率逐年上升，这可能与抗生素滥用有关。此时需通过药敏试验调整用药方案，必要时联合使用不同作用机制的抗生素。免疫功能低下者更易出现反复感染，需加强支持治疗。
支原体感染经规范治疗后，绝大多数患者可获得根治。建议出现疑似症状时尽早就诊，确诊后严格按疗程用药。治疗期间避免性生活以防交叉感染，同时注意增强免疫力。若治疗2-3周后症状未缓解，应及时复查以排除耐药可能，由医生调整治疗方案。