灌肠治疗的舒适度因人而异，通常与操作规范程度、个体耐受性及灌肠目的有关。多数情况下可能出现轻微不适，但一般可以耐受。
1、操作规范程度
灌肠操作若由专业医护人员执行，通常采用适当温度和流速的液体，不适感较轻。例如使用接近体温的生理盐水缓慢注入，肠道刺激较小。若操作不当可能导致液体温度过高或注入压力过大，引发肠道痉挛或疼痛。
2、个体耐受差异
部分人群对直肠刺激较敏感，如肠易激综合征患者或存在肛肠疾病者，可能出现腹胀、便意急迫等反应。老年患者因肠道弹性下降，可能比年轻人更易产生不适感。儿童群体需要采用专用小儿灌肠器和减半剂量。
3、灌肠液成分影响
清水或生理盐水灌肠刺激性较小，而药物灌肠液如开塞露含甘油成分，可能产生灼热感。治疗性灌肠若含抗菌药物或中药制剂，部分患者可能出现药物过敏反应，需提前进行皮肤测试。
进行灌肠治疗前应排空膀胱，采取左侧卧位放松肛周肌肉。操作中若出现剧烈腹痛、面色苍白等异常情况，需立即停止并报告医护人员。治疗后建议保持卧位休息10-15分钟，避免立即如厕影响治疗效果。特殊人群如孕妇、严重痔疮患者需谨慎选择灌肠治疗方式。