艾灸的时间选择一般以早上、下午或晚上为主，具体可根据个人体质及调理目的进行选择。需注意避免在过饥、过饱或情绪波动较大时进行艾灸，以免引发不适。
1、早上
早上阳气逐渐升发，此时进行艾灸有助于提升人体阳气，增强免疫力。例如艾灸足三里穴可调理脾胃，适合脾胃虚弱的人群。但需注意艾灸后适当补充水分，避免因温热刺激导致脱水。
2、下午
下午5-7点为肾经当令时段，此时艾灸肾俞、关元等穴位可发挥温补肾阳的作用。对于腰膝酸软、畏寒肢冷等肾阳虚证候者尤为适宜。艾灸时建议保持环境温暖，结束后注意保暖以免受凉。
3、晚上
若需晚间艾灸，建议选择21点前并避开涌泉、百会等强刺激穴位。可艾灸神阙穴或三阴交等具有安神作用的穴位，施灸时间控制在15分钟以内，灸后饮用温开水促进代谢。阴虚火旺体质者应慎用，以免加重失眠、口干等症状。
艾灸后4小时内避免接触冷水，施灸部位出现红晕属正常现象。若艾灸后出现头晕、恶心等不适，应立即停止操作并通风休息。建议在专业中医师指导下，根据四时变化及个人证型制定艾灸方案，经期女性、糖尿病患者及皮肤破损者需谨慎选择艾灸疗法。