长期服用益生菌可能出现消化系统不适、感染风险增加、肠道菌群失衡以及过敏反应等副作用。益生菌虽然常用于调节肠道功能，但若使用不当或过量服用，可能引发健康问题。
1、消化系统不适
长期服用益生菌可能刺激肠道黏膜，导致腹胀、腹痛或腹泻等症状。部分人群因肠道对益生菌的代谢产物敏感，可能出现暂时性排气增多、腹部隐痛等反应，通常停药后可自行缓解。
2、感染风险增加
免疫缺陷患者或重症患者长期使用益生菌时，活菌可能通过受损的肠黏膜进入血液，引发菌血症或败血症。接受化疗、免疫抑制剂治疗的人群需特别注意这种潜在风险。
3、肠道菌群失衡
持续补充单一菌种可能抑制其他正常菌群生长，导致肠道微生态紊乱。这种情况可能表现为便秘与腹泻交替出现、食物消化吸收障碍，甚至出现肠道条件致病菌过度增殖的情况。
4、过敏反应
益生菌制剂中的添加剂或菌体蛋白可能诱发过敏，常见症状包括皮疹、皮肤瘙痒、口唇肿胀等。对乳制品过敏者需特别注意含乳杆菌的益生菌产品可能引发的交叉过敏。
使用益生菌应严格遵循医嘱，健康人群无需长期服用。若出现持续性腹泻、发热或过敏症状，应立即停药并就医。建议优先通过酸奶、泡菜等天然发酵食品补充益生菌，避免过度依赖药物制剂。