三妙丸和四妙丸的区别主要在于药物组成、功效侧重以及适应症范围。两者均为清热燥湿类中成药，但四妙丸在三妙丸的基础上增加了一味药材，功效和应用范围有所扩展。
1、药物组成
三妙丸由苍术、黄柏、牛膝三味中药组成。苍术燥湿健脾，黄柏清热燥湿，牛膝补肝肾、强筋骨。四妙丸则在三妙丸基础上加入薏苡仁，薏苡仁具有利水渗湿、健脾的功效，进一步增强了祛湿的作用。
2、功效侧重
三妙丸以清热燥湿为主，适用于湿热下注引起的足膝红肿、下肢麻木等症状。四妙丸因薏苡仁的加入，在清热燥湿的同时兼具健脾利湿作用，对湿热内蕴伴有脾虚的情况更为适用，如关节肿痛、小便短赤等。
3、适应症范围
三妙丸多用于治疗湿热导致的妇科带下、下肢丹毒等问题。四妙丸常用于更严重的湿热证型，如痛风性关节炎、湿疹渗出明显者，其利湿效果更强，可改善湿热阻滞经络引起的四肢困重。
需注意两者均需在中医师辨证指导下使用，脾胃虚寒者慎用。用药期间需忌食辛辣油腻食物，若服药后出现腹泻等不适，应及时调整剂量或停药就诊。