莫匹罗星软膏和红霉素软膏均属于外用抗生素，但两者的抗菌谱、适应症及作用机制存在一定差异。莫匹罗星软膏主要针对革兰阳性菌感染，而红霉素软膏抗菌范围更广，可覆盖部分革兰阴性菌及非典型病原体。
1、抗菌谱差异
莫匹罗星软膏对金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌等革兰阳性菌有强效杀菌作用，对部分革兰阴性菌如流感嗜血杆菌也有一定效果。红霉素软膏属于大环内酯类抗生素，除革兰阳性菌外，对衣原体、支原体及部分革兰阴性菌（如淋球菌）也具备抑制作用。
2、适应症不同
莫匹罗星软膏常用于皮肤浅表感染，如脓疱疮、毛囊炎、疖肿等细菌性皮肤病。红霉素软膏适用范围更广，除上述疾病外，还可用于轻度痤疮、溃疡面感染、支原体或衣原体引起的黏膜部位感染（如新生儿眼炎）。
3、作用机制区别
莫匹罗星通过抑制细菌异亮氨酸-tRNA合成酶，阻断细菌蛋白质合成而发挥杀菌作用。红霉素则通过与细菌核糖体50S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成，属于抑菌剂，但在高浓度时也可杀菌。
建议根据具体感染类型选择药物，表皮葡萄球菌等常见皮肤感染可优先选用莫匹罗星软膏，而涉及非典型病原体或黏膜部位感染时红霉素软膏更适宜。使用前应明确病原体类型，避免长期滥用导致耐药性产生，具体用药方案需经皮肤科医生评估后确定。