阴茎短小本身通常不会直接影响生育能力。生育能力主要与精子质量、睾丸功能及输精系统完整性相关，而阴茎尺寸并非决定性因素。实际生育能力需通过精液分析、激素检测等医学检查综合评估。
阴茎的主要功能是排尿和性交，只要能够完成正常勃起及射精，即可将精子输送至女性生殖道。临床中阴茎短小但具备正常生育功能的案例并不少见。若存在隐匿性睾丸发育不良、内分泌异常等合并疾病，可能同时影响阴茎发育和精子生成，此时需针对原发病进行治疗。
若对生育能力存在疑虑，建议前往正规医院男科或生殖医学科进行精液常规检查，评估精子浓度、活动力等指标。同时可检测促卵泡激素、睾酮等激素水平，排查是否存在下丘脑-垂体-性腺轴功能异常。日常保持健康的生活方式，避免吸烟、酗酒等损害精子质量的行为，有助于维持正常生育功能。