奇恒之腑对中医临床诊疗的影响主要体现在理论指导、辨证论治、治疗方法、诊断依据以及整体观念五个方面。奇恒之腑包括脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，其功能特点与五脏六腑不同，在疾病诊治中具有独特意义。
1、理论指导
奇恒之腑的生理功能为中医诊疗提供理论依据。例如脑为元神之府，指导神志病治疗；女子胞主月经孕育，成为妇科疾病诊治的核心。临床常通过调节肾精以充养髓海，或补益气血以调治胞宫。
2、辨证论治
临床注重奇恒之腑与五脏关联辨证。治疗骨病常从肾主骨生髓论治，采用龟鹿二仙胶等补肾填精方剂。胆虽属六腑又归奇恒之腑，胆郁痰扰证候的诊治需兼顾疏肝利胆与化痰安神。
3、治疗方法
针对性地开发特殊疗法。针灸取百会、风池调节脑府功能，推拿整脊手法直接作用于骨关节。治疗脉痹常用活血通脉中药，如丹参、川芎配伍应用，体现脉为血府的诊疗特点。
4、诊断依据
通过体表征象判断奇恒之腑病变。诊察骨病注意齿发状态，脉诊关注脉形变化，脑病重视目系反应。女子胞失调必察冲任二脉，形成特有的妇科诊法体系。
5、整体观念
强调整腑与脏腑经络的联系。治疗髓海不足兼顾补肾健脾，调理胞宫注重心肾同治，体现中医整体观指导下对特殊腑器的调治原则。
临床上运用奇恒之腑理论时，需结合具体证候特点制定方案。如脑病治疗常选用安宫牛黄丸开窍醒神，配合百会穴艾灸；妇科疾病多用四物汤调补冲任，辅以关元穴针灸。建议在专业中医师指导下，根据体质特点进行个体化诊疗，避免自行用药影响疗效。