荞麦茶长期适量饮用通常比较安全，但过量饮用可能引发一些副作用。其成分和特性可能导致部分人群出现不良反应，具体影响因人而异。
荞麦含有致敏蛋白，部分过敏体质者饮用后可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏反应。尤其既往对其他谷物过敏的人群需谨慎。胃肠功能较弱者过量饮用可能因膳食纤维刺激肠道引起腹胀、腹痛或腹泻，每日建议饮用量不超过500毫升。苦荞茶中含有的芦丁成分具有扩张血管作用，与降压药联用时可能增强药效，导致血压过低风险增加。糖尿病患者需注意，某些荞麦茶可能含有D-手性肌醇，与降糖药协同作用下可能引发低血糖。
特殊人群需特别注意，低血压患者长期大量饮用可能出现头晕、乏力等症状。肾功能不全者需控制饮用量，因荞麦中的钾、磷等矿物质可能加重代谢负担。孕妇及哺乳期女性建议每日饮用量控制在300毫升以内，避免影响铁元素吸收。饮用时建议选择正规厂家产品，避免霉变原料制作的劣质茶饮。
建议健康人群每日饮用不超过3杯（约750毫升），最佳饮用时间为餐后1小时。出现不适症状应立即停用，持续不缓解需及时就医。正在服用药物者建议与饮茶时间间隔2小时以上，必要时咨询医师调整用药方案。