支原体感染不一定必须药物治疗，但通常建议在医生指导下合理用药。是否用药需根据感染类型、症状严重程度及患者身体状况综合判断，部分轻症患者可能通过自身免疫力恢复。
支原体感染的治疗需结合病原体类型和患者情况。例如肺炎支原体感染引起的呼吸道症状，若表现为轻微咳嗽、低热且无并发症，部分健康人群可能通过充分休息、加强营养等支持疗法逐渐自愈。但对于儿童、老年人或免疫力低下者，以及出现持续高热、剧烈咳嗽、胸痛等症状时，及时规范的抗生素治疗能有效缩短病程并降低并发症风险。
常用治疗药物包括大环内酯类抗生素如阿奇霉素、克拉霉素，四环素类如多西环素，以及氟喹诺酮类如左氧氟沙星。儿童患者通常首选阿奇霉素干混悬剂、罗红霉素颗粒等剂型。对于泌尿生殖道支原体感染，可能需要根据药敏试验结果选择敏感抗生素，同时性伴侣需同步治疗。
出现疑似支原体感染症状时，建议及时进行血清学检测或核酸检测明确诊断。治疗期间应避免自行增减药量，完成规定疗程以防产生耐药性。若用药3-5天后症状无改善或加重，需及时复诊调整治疗方案。日常应注意保持室内通风，加强手卫生，避免去人群密集场所。