神曲在中药配伍中主要具有消食和胃、健脾开胃、行气导滞、解表退热以及调和药性等功效。其作为发酵类中药，常与其他药物配伍以增强疗效或缓解副作用。
1、消食和胃
神曲含有多种消化酶类物质，能够促进食物分解，改善因饮食积滞引起的胃脘胀满、嗳气吞酸等症状。常与山楂、麦芽等配伍，增强消食导滞效果。
2、健脾开胃
其发酵特性可温养脾胃，促进运化功能，适用于脾胃虚弱导致的食欲不振。配伍白术、茯苓等健脾药材，可改善消化不良问题。
3、行气导滞
神曲辛散之性有助于疏通中焦气机，缓解腹胀腹痛。与陈皮、枳实同用可加强行气消胀的作用，常用于气滞型胃肠疾病。
4、解表退热
在外感兼夹食滞证候中，神曲与解表药如紫苏、藿香配伍，既能消积又能辅助发散表邪，改善发热伴消化不良的症状。
5、调和药性
作为辅药使用时，神曲能缓解矿物类、补益类药物的滋腻之性，防止石膏、熟地黄等药物碍胃，提升处方整体耐受性。
使用含神曲的方剂时需注意脾胃虚寒者应配伍温中药物，实热积滞者需配合清热药材。建议在中医师指导下根据体质和证型进行配伍，服药期间避免食用生冷油腻食物，以免影响药效。