盐酸氟桂利嗪胶囊的副作用在停药后是否消失需根据具体情况判断。大多数常见副作用停药后会逐渐缓解，但部分严重或持续的不良反应可能需要进一步处理。
盐酸氟桂利嗪胶囊主要用于改善脑血流和预防偏头痛，其副作用多与药物对血管和神经的调节作用相关。例如，嗜睡、乏力等神经系统反应在停药后通常1-2周内可自行消退，这是因为药物代谢完成后，其对中枢神经的抑制作用随之解除。胃肠道不适如恶心、腹痛等症状，也多在停药3-5天后缓解，与药物成分对消化系统刺激减少有关。
若患者出现锥体外系反应如震颤、运动迟缓，或存在肝功能指标异常等情况，即使停药后仍可能持续存在。这类反应通常与个体代谢差异或潜在疾病有关，需通过护肝治疗、对症用药（如苯海索片、多潘立酮片）及密切监测来处理。此外，长期用药者若突然停药可能诱发撤药反应，建议在医生指导下逐步减量。
用药期间出现任何不良反应均需及时与主治医师沟通，尤其是心悸、皮疹或意识模糊等严重症状应立即停药并就诊。患者切勿自行调整用药方案，规范的药物管理可最大限度降低风险，同时确保原发病得到有效控制。