支原体和衣原体感染的治疗药物选择主要基于病原体的生物学特性及药物敏感性差异。通常需根据感染类型、患者年龄、过敏史等因素，在医生指导下选择大环内酯类、四环素类或喹诺酮类等抗生素。
1、大环内酯类
支原体和衣原体均缺乏细胞壁，因此对抑制细胞壁合成的抗生素（如青霉素）不敏感。大环内酯类药物如阿奇霉素、克拉霉素可通过抑制病原体蛋白质合成发挥抗菌作用，常用于儿童、孕妇等特殊人群的支原体感染，或衣原体引起的呼吸道、泌尿生殖系统感染。
2、四环素类
多西环素、米诺环素等药物对衣原体的细胞内繁殖阶段有较强抑制作用，常用于成人非妊娠期衣原体感染，如沙眼衣原体导致的尿道炎、宫颈炎。但此类药物可能影响骨骼发育，不推荐用于8岁以下儿童及孕妇。
3、喹诺酮类
左氧氟沙星、莫西沙星等可通过干扰病原体DNA复制过程起效，对部分耐药性支原体及衣原体有效，适用于18岁以上患者。但需注意喹诺酮类药物存在肌腱损伤、神经系统副作用等风险，需严格遵医嘱使用。
治疗前建议进行药敏试验，根据检测结果调整用药方案。混合感染时可能需要联合用药，且需确保足够疗程（通常7-14天）以防止复发。用药期间应避免饮酒，注意观察是否出现皮疹、腹泻等不良反应，并及时复诊评估疗效。