男性出现小便疼痛的症状，通常可以挂泌尿外科、男科或肾内科就诊。具体就诊科室需结合伴随症状以及病因进行选择，建议根据实际情况咨询医院导诊人员。
1、泌尿外科
泌尿外科主要诊治泌尿系统疾病，如尿路感染、尿道炎、膀胱炎、尿路结石等。男性小便疼痛若伴随尿频、尿急、血尿等症状，可能与上述疾病相关。此时可进行尿常规、泌尿系统B超等检查，确诊后医生可能开具左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊等抗生素治疗。
2、男科
若小便疼痛伴有会阴部胀痛、尿道分泌物增多等情况，可能与前列腺炎、淋球菌性尿道炎等男性生殖系统疾病有关。男科医生通常会进行前列腺液检查、尿道拭子培养等，根据结果使用阿奇霉素片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等药物。
3、肾内科
当疼痛伴随腰背部酸痛、水肿、尿液泡沫增多时，需考虑肾小球肾炎、肾盂肾炎等肾脏疾病。肾内科可通过肾功能检查、尿蛋白定量等检测明确诊断，必要时采用甲泼尼龙片、环磷酰胺片等药物进行规范治疗。
建议患者就诊时详细描述疼痛性质（如灼痛、刺痛）、发作时间、伴随症状等信息。若首诊医院未细分科室，可选择综合医院的普通内科进行初步筛查，医生会根据检查结果进行转诊。注意避免自行服用止痛药物掩盖症状，及时就诊有助于早期明确病因。