长期服用纳豆激酶的安全性需根据个体情况判断，通常不建议自行长期使用。若存在血栓相关疾病或特定需求，应在医生指导下合理评估风险与获益。
1、出血风险
纳豆激酶具有纤溶活性，可能影响凝血功能。长期服用可能增加异常出血风险，如牙龈出血、皮下瘀斑等。尤其对于正在使用华法林、阿司匹林等抗凝药物者，或存在血小板减少等凝血功能障碍者，出血风险会显著增加。
2、特殊人群风险
孕妇、哺乳期妇女、围手术期患者及严重肝肾功能不全者，缺乏充分的安全性研究数据。这些人群长期服用可能干扰正常生理状态，例如孕妇可能影响胎儿发育，手术患者可能增加术中出血量。
3、药物相互作用
纳豆激酶可能增强抗血小板药物和抗凝药物的效果，与肝素、氯吡格雷等药物联合使用时需严格监测凝血指标。部分研究显示其可能影响降压药效果，高血压患者长期联用需警惕血压波动。
存在心脑血管疾病高危因素者，建议通过规范药物治疗（如阿托伐他汀钙片、硫酸氢氯吡格雷片等）控制病情，同时定期复查血脂、凝血功能等指标。若考虑使用纳豆激酶作为膳食补充剂，应经心血管专科医生评估后，制定个体化的监测方案，避免与其他保健品混用。