阴茎短小的原因可能与遗传因素、激素水平异常、解剖结构异常等有关，治疗需根据具体病因选择观察、药物或手术等方式。常见原因包括雄激素不足、隐匿阴茎及青春期发育延迟，治疗方法需个体化制定。
1、雄激素不足
雄激素分泌不足可能由先天性睾丸发育不良或下丘脑-垂体疾病引起，表现为第二性征发育迟缓、阴毛稀疏等。确诊需通过血清睾酮检测，治疗可遵医嘱使用十一酸睾酮软胶囊、甲睾酮片等雄激素替代药物，需定期监测激素水平和肝功能。
2、隐匿阴茎
此类解剖异常表现为阴茎体被埋藏在皮下脂肪中，常伴有包茎或排尿困难。确诊需通过体格检查，治疗首选阴茎矫形术，通过去除多余脂肪、松解纤维索带等手术方式使阴茎体外露，术后需保持伤口清洁并预防感染。
3、青春期发育延迟
部分青少年存在体质性生长延迟，骨龄落后于实际年龄，可能伴随身高增长缓慢。通常建议观察至14-16岁，若仍未启动发育，可在医生指导下使用绒毛膜促性腺激素注射液促进性腺发育，同时加强营养摄入和规律锻炼。
患者需至泌尿外科或内分泌科进行染色体检测、激素六项和生殖器超声检查以明确病因。需注意避免自行服用激素类药物，手术患者术后应定期复查阴茎发育情况。存在心理压力者可结合心理咨询改善身体意象认知，多数患者经规范治疗可获得改善。