支原体感染的严重程度因人而异，大部分患者症状较轻且预后良好，但少数情况下可能引发严重并发症。感染是否严重通常与感染部位、患者免疫力以及是否及时治疗有关。
支原体感染最常见的类型是肺炎支原体引起的呼吸道感染，多数表现为咳嗽、低热等轻微症状，可通过大环内酯类抗生素如阿奇霉素、罗红霉素或克拉霉素进行治疗。若早期干预，通常1-2周即可恢复。但若未及时治疗，约10%-30%的患者可能发展为支气管炎或肺炎，出现持续高热、胸痛、呼吸困难等症状，此时需住院进行氧疗和静脉用药。在免疫功能低下者中，感染可能扩散至神经系统引发脑膜炎，或累及心血管系统导致心肌炎，这类并发症虽发生率低于5%，但可能危及生命。
建议出现持续咳嗽超过1周、体温超过38.5℃或出现意识模糊等症状时，应及时进行血清抗体检测和影像学检查。治疗期间需注意隔离防护，保持室内通风，避免剧烈运动加重心肺负担。老年人和儿童患者应加强营养支持，密切监测病情变化。