桂附地黄丸与金匮肾气丸在药物成分、功效以及适应症等方面存在一定区别，患者需在医生指导下根据具体病情选择用药。
1、药物成分不同
桂附地黄丸由肉桂、附子、熟地黄、山茱萸、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻组成，是在六味地黄丸基础上加入肉桂、附子两味药材。金匮肾气丸的组方存在不同版本，常见的一种由桂枝、附子、熟地黄、山茱萸、山药、茯苓、牡丹皮、泽泻、牛膝、车前子组成，较六味地黄丸多出桂枝、附子、牛膝、车前子四味药材。
2、功效侧重不同
桂附地黄丸以温补肾阳为主，适用于肾阳不足引起的腰膝酸冷、肢体浮肿、小便不利或反多、痰饮咳喘等症状。金匮肾气丸在温补肾阳的基础上，兼具利水渗湿的功效，适用于肾阳虚伴有水湿内停所致的小便不利、下肢水肿、畏寒肢冷、腰膝酸软等症。
3、适应症差异
桂附地黄丸多用于慢性肾炎、糖尿病、甲状腺功能低下等疾病属肾阳不足者。金匮肾气丸更适用于前列腺增生、慢性肾功能不全、肾病综合征等伴有水肿的病症。两者虽均有温阳作用，但金匮肾气丸因含牛膝、车前子等药材，在利水消肿方面更具优势。
需注意两种药物均含附子等毒性药材，不宜长期过量服用。服药期间忌食生冷食物，感冒发热患者不宜使用。建议患者就诊中医科，经专业医师辨证后选择适宜药物，避免自行用药延误病情或引发不良反应。