胃肠间质瘤既有良性也有恶性的可能，但大多数情况下具有恶性潜能，具体性质需通过病理检查明确。其良恶性与肿瘤大小、核分裂象数量等因素密切相关。
1、恶性
多数胃肠间质瘤在生物学行为上属于恶性或潜在恶性。这类肿瘤体积通常超过5厘米，核分裂象每高倍视野超过5个，且可能通过血液转移至肝脏或腹腔。即使手术切除后，仍有较高的复发风险。患者常出现消化道出血、腹部包块等症状，需采用靶向药物如伊马替尼进行辅助治疗。
2、良性
少数体积较小（小于2厘米）、核分裂象极少（每高倍视野少于2个）的胃肠间质瘤，可能表现为良性病程。这类肿瘤生长缓慢，完整切除后复发概率较低，但仍需长期随访观察生物学行为的变化。
若发现胃肠间质瘤，应尽快通过穿刺活检或术后病理明确肿瘤性质。恶性患者需根据基因检测结果选择靶向治疗方案，并定期复查增强CT评估治疗效果。良性病变切除后建议每年进行胃镜或影像学检查，监测有无复发迹象。