青霉菌和青霉素在来源、性质以及作用上存在显著差异。青霉菌是一种真菌，而青霉素是由该真菌代谢产生的抗生素类药物，两者的区别主要体现在生物属性、化学结构及功能应用三个方面。
1、来源与性质不同
青霉菌属于真菌界，广泛存在于自然界，尤其在潮湿环境中容易滋生，常以菌丝形态生长并产生孢子。青霉素则是从青霉菌的代谢产物中提取的β-内酰胺类抗生素，属于有机化合物，需通过微生物发酵技术工业化生产。
2、化学结构不同
青霉菌的细胞结构包含真菌特有的细胞壁（主要成分为几丁质）和细胞膜。青霉素的化学结构则以β-内酰胺环为核心，包括6-氨基青霉烷酸母核，这种特殊结构使其能够干扰细菌细胞壁合成，但对真菌无效。
3、功能作用不同
青霉菌在自然界中多参与有机物分解，但部分菌株可能导致食物霉变或免疫力低下人群的曲霉病。青霉素则主要用于抑制革兰氏阳性菌（如链球菌、葡萄球菌）的生长，通过破坏细菌细胞壁达到杀菌效果，是临床上重要的抗感染药物。
若接触霉变物品需做好防护，避免吸入青霉菌孢子。使用青霉素前应进行皮试，严格遵循医嘱，避免自行用药引发过敏或耐药性。