丹参酮胶囊作为丹参提取物制剂，一般遵医嘱合理使用时安全性较好，但用药不当可能引起消化道不适、凝血异常、肝肾功能损伤等风险。药物成分可能对部分人群存在个体差异影响，需在医生指导下规范使用。
丹参酮胶囊具有活血化瘀作用，可能抑制血小板聚集，若患者本身存在出血倾向或联合使用阿司匹林、华法林等抗凝药物时，可能增加皮下瘀斑、牙龈出血等风险。长期大剂量服用可能加重肝脏代谢负担，少数患者可能出现转氨酶升高。从消化系统而言，个别患者服药后可能出现恶心、胃部隐痛等胃肠道反应，通常与药物刺激胃黏膜有关。
此外，临床报道显示约0.5%-2%的用药者可能出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏反应，过敏体质者发生率更高。药物代谢产物主要通过肾脏排泄，肾功能不全者需调整剂量，否则可能加重病情。虽然目前尚无明确证据表明该药直接影响男性生殖功能，但动物实验提示高剂量可能影响激素水平，故不建议自行长期服用。
用药期间需定期监测血常规、凝血功能及肝肾功能指标。若出现黑便、剧烈头痛、皮肤黄染等异常症状应立即停药就医。建议心血管疾病患者在治疗基础疾病的同时，配合改善生活方式，避免过度依赖单一药物控制病情。